Habita en el Parque Nacional Nahuel Huapi una gran variedad de especies de fauna: peces, anfibios, reptiles, aves, mamíferos e invertebrados. Todos ellos están adaptados a los ambientes que este Parque Nacional presenta y habitan tanto en el agua como en la tierra.
Dentro de la fauna del Parque Nacional Nahuel Huapi existen varias especies que debido a sus características y estado de conservación se les otorgó la categoría Especies de Vertebrados de Valor Especial (EVE)