Bosque de Transición
El Bosque de Transición ocupa una franja de 15 a 20 km de ancho que limita con el Bosque Húmedo hacia el oeste y con la Estepa hacia el este. Su superficie representa un 14% del área protegida y su relieve es montañoso con sectores colinados. El clima es templado con temperaturas medias anuales de entre 5 y 8°C según su altitud y precipitación media anual de 1000 a 1400mm. Hacia el oeste, este ambiente presenta mayor cobertura, y una altura promedio de 15 a 20 m, siendo la especie dominante el ciprés (Austrocedrus chilensis). Hacia el este, este ambiente suele disponerse en mosaico, alternando con vegetación esteparia y formando rodales densos en los cañadones más húmedos.
En las laderas más bajas (hasta aproximadamente 1100 m.s.n.m.) predominan los bosques puros de ciprés o bosques mixtos de ciprés, radal (Lomatia hirsuta), ñire (Nothofagus antarctica) y maitén (Maytenus boaria). A mayor altitud también encontramos bosquetes de lenga (Nothofagus pumilio) y ñire. El sotobosque es más abierto que en el Bosque Húmedo, encontrando especies como laura (Schinus patagonicus), virreina (Mutisia decurrens) y reina mora (Mutisia spinosa), estando ausente la caña colihue.
Aquí se registra un solapamiento entre especies de plantas del bosque y de la estepa, formando así un mosaico que proporciona gran variedad de hábitats para la fauna, en particular para las aves.