Altoandino
El ambiente Altoandino se extiende por encima del límite altitudinal del bosque, a partir de los 1600m de altura, su relieve es escarpado y abarca aproximadamente un 18% de la superficie total del Parque Nacional. El clima es frío y su precipitación media varía entre los 1200 y 3000mm anuales aproximadamente, siendo frecuente la nieve. La vegetación predominante forma un estrato arbustivo-herbáceo de altura menor a 25cm, con muy baja cobertura, quedando un porcentaje de suelo desnudo mayor al 80%. La flora de alta montaña presenta adaptaciones a condiciones ambientales muy extremas, como las formas rastreras o de cojín.
El ambiente altoandino es una sumatoria de microhábitats con condiciones ambientales diferentes, que determinan una diversidad ambiental muy grande, que ha permitido la evolución de innumerables especies con adaptaciones únicas.
Por estos motivos, a pesar de que el ambiente altoandino parecería ser uno de los más desfavorables para la vida, se asocia a una relativamente alta riqueza y diversidad de especies. Las colecciones realizadas hasta el momento muestran que está compuesta por aproximadamente 250 especies, lo que significa el 25% de las especies de esta área protegida, entre las que se conocen ya varios endemismos restringidos. Entre ellos, el senecio del cerro Carbón (Senecio carbonensis) es aparentemente endémica de los Cerros Carbón y Ñireco, en la región oriental más árida del Parque Nacional Nahuel Huapi.
Por otra parte, en esta zona se encuentran las cabeceras de cuenca, lagunas y lagos de altura y es frecuente observar mallines, que son pastizales por arriba del límite altitudinal del bosque, insertos o en la periferia de los semi-desiertos de altura, en las cabeceras de cuenca, con una vegetación predominantemente herbácea de gran cobertura, asociada a suelos húmedos.